2005年，為提高我國男科的學術水平和臨床診療水平，滿足學科建設和男科疾病診療需要，在郭應祿院士的直接組織領導下，北大醫院男科中心正式成立運行。北大醫院男科中心擁有中西醫男科學專家，集醫療、教學、科研為一體，男科學發展進入規模化、規范化的迅速發展階段。

醫療工作主要針對男性性功能障礙、男性不育癥、男性生殖器畸形、前列腺疾病、性腺功能障礙、生殖系感染、性傳播疾病、男性計劃生育、男性更年期綜合癥、男性生殖系統腫瘤等等，包括門診、輔助檢查、病房及手術室四個區域，設有藥劑科、檢驗科、心電圖室、超聲室、放射科、尿動力學檢查室、男女性功能檢查室、電生理室、骨密度檢查室、膀胱鏡檢查室等，主要檢查設備包括島津多功能數字化遙控X光診斷系統、GE數字彩色超聲診斷系統、Laborie和Medtronic影像尿動力測試儀、Medtronic盆底肌電診斷儀、Lunar雙能X線骨密度儀、RigiScan陰莖硬度測量儀、MEDOC定量感覺障礙測定儀、全自動血、尿、精液、全自動酶聯免疫分析儀等，治療系統包括泌尿男科腔鏡診斷治療系統（包括全數字化膀胱尿道鏡、尿道內切開鏡、前列腺電切鏡和腹腔鏡）；Laborie和Medtronic生物反饋治療系統；男女性功能障礙治療系統；CO2激光治療系統；全套數字化重癥監護系統；顯微外科專用手術設備等，常規開展陰莖假體植入、陰莖背深靜脈結扎、陰莖背神經矯形、顯微鏡下輸精管-輸精管吻合和附睪輸精管吻合、男性外生殖器整形等男科特色手術。至今北大醫院男科中心已經成為國內公立醫院中規模大、設備齊全的治療水平較高的單位。